Ještě před rokem 1989 vzbudil Bůh v srdcích několika českých a slovenských křesťanů touhu vést trapistický mnišský život. Dozvěděli se o něm z knihy Thomase Mertona Hora sedmi stupňů, která byla přeložena do češtiny a vydána v Římě roku 1968.

Brzy po převratu navštívila Sept Fons skupina českých kněží a mladých lidí s žádostí, aby mniši přijeli založit klášter do České republiky. Otec opat s otcem učitelem se rozhodli přijmout české kandidáty, aby je formovali k mnišskému životu.

Co se jevilo jako nepředstavitelné, stalo se hmatatelnou skutečností. Mladí Češi přicházeli v hojném počtu. První čtyři složili časné sliby v roce 1998, další byli ve formaci. Sept-Fons tak mohlo začít uvažovat o fundaci v  zemi, ve které byl na mnoho desetiletí řeholní a mnišský život zcela potlačen. Za svoji novou domovinu bratři zvolili plzeňskou diecézi na západě Čech, v oblasti Sudet, místě smutku a velkých lidských tragédií způsobených vysídlením německého obyvatelstva po II. světové válce.

Na konci ledna 1999 mniši objevili Nový Dvůr, ruiny hospodářství z 18. století. Stojí na krásném odlehlém místě, na vysokém návrší s drsným podnebím. Tato bývalá usedlost, zbudovaná pro premonstrátský klášter v Teplé barokním architektem Kiliánem Ignácem Dinzenhoferem (1689–1751), byla opuštěná přinejmenším od zrušení klášterů v r. 1950. Původně sestávala z honosné obytné budovy a tří hospodářských křídel obklopujících čtvercový dvůr se studnou uprostřed.

Projekt počítal s obnovou původních budov a moderní dostavbou prvků nezbytných k mnišskému životu. Svou spolupráci nabídl za výjimečně výhodných podmínek londýnský architekt John Pawson. Jeho moderní minimalistický styl skvěle odpovídá prostotě cisterciácké tradice. Spolupracoval s ateliérem architekta Jana Soukupa a s firmou Bolid-M, jako stavební dozor.

Několik bratrů ze Sept Fons se prozatímně usadilo na faře v Nečtinech, kterou jim dala diecéze k dispozici. Začali tu vést mnišský život a přitom dohlíželi na stavbu. Od prvních dnů zde byla umístěna socha Blahoslavené Panny Marie, aby byla zajištěna ochrana Matky Boží během stavby.

11. června 2001 byl položen základní kámen opatem Sept Fons Domem Patrickem za přítomnosti mnoha přátel, kněží a řeholníků, nuncia, plzeňského biskupa Františka Radkovského a moulinského biskupa Philippa Barbarina.

20. srpna 2002, ve svátek svatého otce Bernarda, byl slavnostně založen klášter. Mniši se přestěhovali z Nečtin na staveniště. Za zpěvu žalmů kráčelo slavnostní procesí lesem ke klášteru, v čele s křížem a sochou Panny Marie, která je dnes v opatském kostele. Po mši svaté, které předsedal Mons. Radkovský, a po přečtení zakládací listiny požehnal Dom Patrick zakladatelům. V den založení kláštera byla ve skutečnosti dokončena pouze provizorní kaple a skriptorium. Dělníci právě opustili jižní křídlo, v němž byl umístěn refektář, kuchyně a dormitář, a západní křídlo. Přípravu jídel umožňoval starý sporák vzadu v refektáři. Bratři ze Sept-Fons, kteří přišli se zakladateli, pomáhali zařídit dormitář.

Během prvních let poskytoval mateřský dům mladé komunitě potřebnou podporu. Opat Sept Fons přijížděl předsedat přijetí hábitu a slibům a zařizoval, co bylo potřeba. Otec Mikuláš, novicmistr, přijížděl dvakrát či třikrát do roka na krátké pobyty, udílel rady mladému novodvorskému novicmistrovi i jeho žákům a připomínal základy mnišského života.

2. září 2004 se konala slavnost posvěcení kostela. Posvěcení, sestávající z mimořádně slavných modliteb a rituálů, učinilo z betonové stavby jakési zosobnění konkrétní a ustavičné modlitby. Domus orationis, to není jen dům, v němž se modlíme, to dům, který se modlí každým svým kamenem, dům, který se stal modlitbou.

Obřad vedl Mons. Radkovský za přítomnosti apoštolského nuncia, Mons. kardinála Vlka, tehdejšího arcibiskupa pražského, a Mons. Barbarina, lyonského arcibiskupa. Mezi účastníky byli cisterciáčtí-trapističtí opati a abatyše, řeholníci a řeholnice, kněží. Slavnosti se zúčastnilo více než 3000 lidí, většina z nich sledovala liturgii zvenčí, na projekčních plátnech.

V roce 2004 byl také otevřen noviciát. Mladých mužů, kteří sem přicházejí hledat své povolání, je stále hodně, a i když jich zůstane jen zlomek, pro každého znamená zkušenost s modlitbou a mnišským životem důležitý vklad do budoucího života.

14. září 2007, při mši svaté vedené biskupem naší diecéze, Mons. Františkem Radkovským, přečetl otec opat ze Sept-Fons listinu, jíž povýšil náš klášter na autonomní převorství. Poté bratři se slavnými i časnými sliby skládali v chóru jeden po druhém slib stability. Tímto slibem se zavázali, že zůstanou až do smrti v komunitě, do níž je Bůh povolal k mnišskému životu. Následně v kostele proběhla volba převora. Její ritus i přísahy, které ji doprovázejí, z ní činí akt Boží milosti. Po volbě předal otec opat nově zvolenému převorovi, jímž se stal bratr M. Samuel Lauras, pečetidlo a klíče a bratři složili do jeho rukou slib poslušnosti. Nazítří, o svátku Panny Marie Sedmibolestné, otcové učitelé ze Sept-Fons a z Nového Dvora položili korunku na hlavu Panny Marie v křížové chodbě.

24. června 2009 byl požehnán dům pro hosty, zbudovaný z konírny se sýpkou v patře.

8. prosince 2011 byli mniši svědky slavnostního aktu, který učinil z Nového Dvora opatství. Prvním opatem byl zvolen dosavadní převor, někdejší představený fundace. Při nešporách Dom Samuel Lauras zasvětil svůj úřad, nové opatství a noviciát Neposkvrněnému Srdci blahoslavené Panny Marie. Všichni včetně noviců a postulantů podepsali na oltáři listinu o tomto zasvěcení, iluminovaný pergamen, který byl uložen do pozlaceného kříže na zvonici opatského kostela.

12. prosince 2011, v den památky Panny Marie Guadalupské, přijal Dom Samuel opatské požehnání spolu s insigniemi jeho úřadu – Řeholí, prstenem, berlou a mitrou.

Život se vrací do všednodenních kolejí. Pro mnichy jsou to především pevné koleje modlitby, které vedou k důvěrnému přátelství s Bohem a přitahují k němu celý svět.