Klášter Sept-Fons byl založen v roce 1132, za života svatého Bernarda. Po staletích horlivosti se však díky válečným konfliktům téměř rozpadl. V roce 1656 nastoupil do opatského úřadu Dom Eustach de Beaufort. Připojil klášter k trapistické reformě a počet povolání začal vzrůstat. Přijal tam hábit svatý Benedikt Josef Labre (1748-1783). Nemohl však zůstat v klášteře, stal se žebravým poutníkem a zemřel v Římě na schodech kostela Santa Maria dei Monti. Za francouzské revoluce v roce 1791 byli mniši vyhnáni, ale díky tomu založili kláštery v mnoha zemích Evropy a Ameriky, Asie i Austrálie.

Po návratu mnichů do Sept-Fons v roce 1840 poznamenali historii kláštera dva významní opati. Dom Sébastien Wyart sjednotil v roce 1892 většinu cisterciáckých klášterů spojených s trapistickou reformou a stal se prvním generálním opatem Řádu reformovaných cisterciáků (později Řádu cisterciáků přísné observance). Jeho nástupce, Dom Chautard, autor spisu „L’âme de tout apostolat“ (Duše veškerého apoštolátu), dodal komunitě velký elán pro vnitřní život. Byl to on, kdo oblékl hábit otci Jeronýmovi Kieferovi (1907–1985), bezpochyby nejvýznamnější postavě kláštera Sept Fons ve 20. století.

V roce 1980 byl zvolen opatem Sept-Fons Dom Patrick Olive. Ten jmenoval novicmistrem otce Mikuláše. Komunitu silně poznamenalo učení a příklad otce Jeronýma. Klášter Sept-Fons přijal mnoho povolání, která v roce 2002 umožnila fundaci v Novém Dvoře.