Die Abtei Sept-Fons wurde zu Lebzeiten des heiligen Bernhard im Jahr 1132 von der Abtei Fontenay im Bourbonnais gegründet. Nach Jahrhunderten der Inbrunst verzeichnete die Gemeinschaft einen Niedergang und wurde 1656 von Dom Eustache de Beaufort reformiert. Der heilige Benoît Joseph Labre (1748-1783) wurde hier eingekleidet, da er aber nicht im Kloster bleiben konnte, wurde er Pilger und Bettler und starb schließlich in Rom auf den Stufen der Kirche Santa Maria ai Monti. 1791 wurden die Mönche durch die Französische Revolution aus Sept-Fons vertrieben und mehrere von ihnen, darunter die beiden seligen Paul und Eli, bekannten sich auf den Gefängnisschiffen von Rochefort zu ihrem Glauben.

Nachdem die Mönche 1840 nach Sept-Fons zurückgekehrt waren, wurde ihre Geschichte von zwei großen Äbten geprägt. Dom Sébastien Wyart einte 1892 die Mehrzahl der Zisterzienser, die sich der Reform von La Trappe angeschlossen hatten, und wurde erster Generalabt des Ordens der reformierten Zisterzienser (Zisterzienser der strengeren Observanz). Sein Nachfolger, Dom Jean-Baptiste Chautard, Verfasser des Werks „L’âme de tout apostolat“ („Die Seele jedes Apostolats“ – nicht in deutscher Übersetzung vorliegend), verlieh seiner Gemeinschaft in Bezug auf das innere Leben großen Elan. Er war es, der Pater Hieronymus Kiefer (1907-1985) einkleidete.

1980 wurde Dom Patrick Olive zum Abt von Sept-Fons gewählt. Er ernannte Pater Nikolaus zum Novizenmeister. Die Gemeinschaft wurde stark von der Unterweisung und vom Vorbild Pater Hieronymus geprägt. Sept-Fons erhielt zahlreiche Berufungen, was 2002 die Gründung von Nový Dvůr ermöglichte.