Klasztor Sept-Fons został założony w roku 1132, za życia świętego Bernarda. Po kilkuset latach gorliwego życia, z powodu konfliktów wojennych opactwo było bliskie upadku. W roku 1656 opatem został Eustach de Beaufort. Przyłączył klasztor do reformy trapistycznej i liczba powołań zaczęła rosnąć. Habit przyjął tam święty Benedykt Jósef Labre (1748-1783). Nie mógł jednak zostać w klasztorze i stał się żebrakiem wędrownym i umarł w Rzymie na schodach kościoła Santa Maria ai Monti. Podczas rewolucji francuskiej w roku 1791 mnisi zostali wygnani, ale dzięki temu założyli klasztory w wielu krajach Europy, Ameryki, Azji i Australii.

Po powrocie mnichów do Sept-Fons w roku 1840 w historii klasztoru zaznaczyli się dwaj wybitni opaci. Sébastien Wyart zjednoczył w roku 1892 większość cysterskich klasztorów reformy la Trappe i stał się pierwszym generalnym opatem Zakonu reformowanych cystersów (później nazwanych Zakonem Cystersów Ściślejszej Obserwancji). Jego następca, Jean-Baptiste Chautard, autor działa „L’âme de tout apostolat“ (Dusza wszelkiego apostolstwa), nadał wspólnocie ogromny rozmach jeśli chodzi o życie wewnętrzne. To on nałożył habit ojcu Hieronimowi Kieferowi (1907–1985), bez wątpienia najwybitniejszej postaci klasztoru Sept Fons XX wieku.

W roku 1980 opatem Sept-Fons został wybrany Patrick Olive. Magistrem nowicjatu mianował ojca Mikołaja. Nauczanie i przykład ojca Hieronima wywarło duży wpływ na wspólnotę. Klasztor Sept-Fons przyjął wiele powołań, które w roku 2002 umożliwiła założenie fundacji klasztoru Nový Dvůr.