Obwohl die Gemeinschaft geistige Zwecke verfolgt, ist sie ähnlich wie andere Gruppen organisiert. Die Beziehungen zwischen den Brüdern rund um den Abt, der hauptsächlich eine väterliche Rolle spielt, haben einen familiären Charakter.

Der Abt ist wie jeder seiner Mitbrüder vor allem Mönch, d. h. er plant seinen Tagesablauf rund um Gottesdienst, lectio divina, Gebet und Arbeit. Der Heilige Benedikt verlangt von ihm, die Brüder zu unterweisen, sie zu lenken und ein Vorbild zu sein, sich auf jeden der Brüder einzustellen und die Mönchsregel einzuhalten. Eine Aufgabe, die die menschliche Kraft übersteigt … Der erste Abt von Nový Dvůr war Dom Samuel Lauras, der 1983 in die Abtei Sept-Fons eintrat und bei der Gründung Oberer der Gemeinschaft war. Er wurde am 8. Dezember 2011 von seinen Brüdern gewählt.

Ihm stehen ein Prior und einige andere von ihm ernannte Amtsträger zur Seite (die „Amtsträger des Klosters“). Der Prior, der in Abwesenheit des Abts Oberer ist, kümmert sich um die tägliche Organisation des gemeinsamen Lebens. Er wird vom Subprior unterstützt.

Die Ausbildung der jungen Brüder obliegt dem Novizenmeister, der von einem zweiten Novizenmeister unterstützt wird.

Der Cellerar (der Verwalter) verwaltet das Unternehmen, mit dem die Mönche ihren Lebensunterhalt verdienen, und kümmert sich gemeinsam mit dem zweiten Cellerar um die wirtschaftlichen Aspekte der Gemeinschaft (Versicherungen, Fahrzeuge, Wartungsarbeiten, Bestellungen etc.).

Die Gemeinschaft ist heute international, denn der älteste Bruder ist Niederländer und auch einige Franzosen haben sich dazu entschieden, in Nový Dvůr zu bleiben. Die Mehrzahl der Brüder stammt aus Böhmen und Mähren, es sind aber auch Slowaken, Kroaten und Slowenen vertreten. Bisweilen verbringen Polen, Ungarn oder Deutsche einige Zeit in der Gemeinschaft, um ihre Berufung zu erkennen. Die gemeinsame Sprache ist das Tschechische. Es gelingt allen, sich miteinander zu verständigen. Alle, die dazu fähig sind, lernen zudem Französisch, um auf eine umfangreiche klösterliche und spirituelle Literatur zugreifen zu können. Die Zahl der Mönche schwankt und auch wenn bislang niemand auf dem Friedhof beigesetzt wurde, wird der Tag kommen. Neuankömmlinge oder abwesende Brüder … nur der Koch allein weiß, wie viele Mäuler – inklusive Gäste – es zu versorgen gilt.