Bien que la finalité de la communauté soit spirituelle, son organisation s’apparente à celle de tout autre groupe. Les relations entre les frères ont un caractère familial autour de l’abbé dont le rôle est principalement paternel.

L’abbé est avant tout un moine et, comme chacun de ses frères, il organise ses journées autour de l’office divin, de la lecture, de la prière et du travail. Saint Benoît lui demande d’enseigner, de gouverner et de donner l’exemple, de s’adapter à chacun des frères et de respecter la Règle. Tâche au-dessus des forces humaines… Le premier abbé de Nový Dvůr, Dom Samuel Lauras, entré en 1983 à l’abbaye de Sept-Fons, supérieur de la communauté lors de la fondation, a été élu par ses frères le 8 décembre 2011.

Il est assisté d’un prieur et de quelques autres qu’il nomme (les « officiers du monastère »). Le prieur, supérieur quand l’abbé est absent, s’occupe de l’organisation quotidienne de la vie commune. Il est aidé par le sous-prieur.

La formation des jeunes frères est confiée au maître des novices, aidé par un sous-maître.

Le cellérier (l’économe), gérant de l’entreprise qui permet aux moines de gagner leur vie, s’occupe de la vie économique avec le sous-cellérier pour le fonctionnement de la communauté (assurances, véhicules, entretiens, commandes, etc.).

La communauté est aujourd’hui internationale : le frère le plus âgé est Hollandais ; quelques Français ont choisi de demeurer à Nový Dvůr ; la majorité des frères est originaire de Moravie ou de Bohême ; la Slovaquie, la Croatie et la Slovénie sont également représentées. Il arrive qu’un Polonais, qu’un Hongrois ou qu’un Allemand fasse un séjour en communauté en vue de discerner sa vocation. La langue commune est le tchèque. Tous arrivent à se comprendre. Ceux qui en ont les capacités apprennent aussi le français pour bénéficier d’une riche littérature monastique et spirituelle. Le nombre des moines varie et si personne n’habite encore le cimetière cela arrivera un jour. Nouveaux venus, absents… Seul le cuisinier sait exactement combien de moines il doit nourrir, et combien d’hôtes.